《日本侵华南京大屠杀研究》杂志是由中共南京市委宣传部主管，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆、南京出版社主办，国家记忆与国际和平研究院、南京侵华日军南京大屠杀史研究会学术支持，面向国内外公开发行的专业学术期刊（季刊）。2018年正式创刊，其前身为集刊《南京大屠杀史研究》《日本侵华史研究》。杂志始终坚持正确的办刊方向，立足学术前沿，保持专业特色，内容涉及南京大屠杀研究、日本侵华研究、抗日战争研究、文物文献研究等领域。自创刊以来，杂志学术影响力不断提升，先后有40多篇文章被《新华文摘》《中国社会科学文摘》《人大复印报刊资料》《高等学校文科学术文摘》等转载。杂志入选“中文社会科学引文索引(CSSCI) 来源期刊”“中国人文社会科学期刊AMI综合评价新刊核心期刊”“复印报刊资料重要转载来源期刊”“国家哲学社会科学文献中心最受欢迎期刊”和首批“青年学者友好期刊”，2021年杂志社荣获“第三届江苏省新闻出版政府奖·先进新闻出版单位奖”。

在中文刊基础上，2019年开始，杂志社精选南京大屠杀研究等学术成果先后翻译出版英文刊、日文刊和法文刊。外文刊面向美国、英国、日本、法国、德国、西班牙、俄罗斯、加拿大、澳大利亚、巴西、南非等50多个国家和地区公开发行，范围覆盖美国哈佛大学、英国牛津大学、日本立命馆大学、美国国会图书馆、英国国家图书馆等420多家国际知名大学和图书馆，日本日中友好协会、历史教育者协议会等200多个日本友好团体及人士，美国常青图书有限公司等140多家海外书店，法国冈城纪念馆等30多家国际文博场馆与和平机构，以及海外知名学者、友好人士和华人华侨等，推动了南京大屠杀史实的国际传播。外文刊荣获“CTTI2024年度智库研究优秀成果特等奖”。