侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆建立在南京大屠杀死难者遗骸原址上，于1985年8月15日建成开放，为全国重点文物保护单位、全国爱国主义教育示范基地、国家一级博物馆、海峡两岸交流基地、国防教育基地，入选第一批“国家级抗战纪念设施、遗址名录”。2014年起，成为南京大屠杀死难者国家公祭仪式举办地，是《南京市国家公祭保障条例》规定的国家公祭场所。

纪念馆总占地面积10.3万平方米，展陈面积近2万平方米，设有雕塑广场、公祭广场、史料陈列厅、悼念广场、墓地广场、“万人坑”遗址、祭场、冥思厅、和平公园等区域，管理南京利济巷慰安所旧址陈列馆；设有基本陈列“南京大屠杀史实展”、主题展览“正义必胜 和平必胜 人民必胜——中国战区反法西斯战争胜利暨审判日本战犯史实展”、“慰安妇”受害者专题陈列“二战中的性奴隶——日军‘慰安妇’制度及其罪行展”，引导公众牢记历史、不忘过去，珍爱和平、开创未来。

纪念馆是收藏、研究、展示南京大屠杀及日本侵华文物史料并开展历史教育的文博场馆，先后设立“南京侵华日军南京大屠杀史研究会”和智库“国家记忆与国际和平研究院”，入选首批江苏省重点高端智库、南京大学中国智库索引（CTTI）首批来源智库，创办杂志《日本侵华南京大屠杀研究》，入选“中文社会科学引文索引(CSSCI) 来源期刊”“中国人文社会科学期刊AMI综合评价新刊核心期刊”“复印报刊资料重要转载来源期刊”“国家哲学社会科学文献中心最受欢迎期刊”和首批“青年学者友好期刊”；深入开展仪式感、分众化、沉浸式爱国主义教育，入选全国以革命文物为主题的“大思政课”优质资源示范项目；建立紫金草志愿服务队，创办紫金草艺术团，关爱南京大屠杀幸存者并开展历史记忆传承行动，在志愿服务和社会教育中推动历史记忆代代相传。

纪念馆积极开展国际和平交流活动，累计100多个国家和地区的亿万观众前来参观。向全球推广英、日、法文等多语种书籍，杂志《日本侵华南京大屠杀研究》海外发行涵盖50多个国家和地区的大学、图书馆、研究机构和纪念场馆，形成史料外译、外展和对外传播系列成果；在欧洲、亚洲、美洲30多座城市举办南京大屠杀史实展，以入选《世界记忆名录》的南京大屠杀档案表达牢记历史、维护和平的理念；建设紫金草国际志愿者队伍，开展“紫金草国际和平学校”国际青年交流活动，入选2023全球世界遗产教育创新案例，以国际和平教育促进南京大屠杀史实国际传播，助力构建人类命运共同体。